Әлкей Марғұланның фольклорлық зерттеулерінің маңызы зор. Ғалым «Қазақ халқының эпикалық жыр дастандары» тақырыбында диссертация қорғады, ғылыми еңбек қазақ әдебиетi мен тарихындағы iргелi зерттеулердiң нәтижесi деп бағаланды.

Әдебиеттанушы «Қазақ халқының көне замандағы ақындық өнерiнiң шеберлерi» атты еңбегiнде қазақ халқының эпикалық жыр дәстүрiн дамытқан ақындарға, шебер орындаушыларға, сал-серiлерге тоқталып, олардың сөз өнерiндегi орнын айқындады.

Сондай-ақ қаламгердің «Мәшһүр Жүсiп мұрасындағы түркi эпосы», «Декабристер және Қазақстан», «Әлiшер Науаи және қазақ мәдениетi», «Мұхаммед Хайдар Дулати – тарихшы», «Шоқан Уәлиханов және Орта Азия тарихы», «Суворов», «Жамбыл Жабаев» сынды еңбектерi жарық көрдi.

Ғалым тарих, археология, этнография, әдебиет, өнер және металлургия саласына қатысты 300-ден астам ғылыми-зерттеу жұмысын, 100-ден астам энциклопедиялық мақала жазды. Сонымен қатар қазақстандық этнографтардың, археологтардың, тарихшылардың бiрнеше буынын тәрбиеледі.